蛋白质组学是一门新兴但发展迅速的学科。2001年国际人类蛋白质组组织成立后，蛋白质组研究取得了一系列突破性进展。根据世界生命科学的发展趋势和国家战略需求，针对我国蛋白质科学研究现状及技术条件，国家决定建设以先进科学装置和大型设备为基础、以创新技术集成为中心、具备大规模复合型研究能力的国家级蛋白质科学研究设施。2008年底，国家发展和改革委员会批复同意在北京和上海两地同时建设国家蛋白质科学基础设施。在2010年10月12日至13日北京举行的以“蛋白质组学：前沿和挑战”为主题的第381次香山科学会议上，专家介绍了国家蛋白质科学基础设施的相关情况。

北京：凤凰工程

国家蛋白质科学基础设施北京基地以蛋白质组学为主，项目法人为军事医学科学院，共建单位包括清华大学等。北京设施（简称PHOENIX，凤凰工程）主要研究蛋白质组组成及其变化、蛋白质结构、蛋白质功能等，同时以生物信息学、蛋白质/抗体制备为核心的支撑体系进行研究，旨在有效提高蛋白质研究水平，实现数据资源、分析资源与计算资源的系统整合和无缝共享。

军事医学科学院贺福初院士介绍，凤凰工程围绕蛋白质科学研究三个层次设计：国家蛋白质科学基础设施及其分属系统，包括蛋白质组分析系统、功能蛋白质组研究系统、结构蛋白质组解析系统、蛋白质组研究核心支撑系统、设施集成管理与控制系统等。在工程实施上细分为“系统—分系统（子系统）—工作线（功能模块）—设备”。每个分系统由若干工作线组成，工作线由生物仪器设备或设备群功能模块以及数字化集成与控制装备有机集成，建立通量化、集成化、自动化/半自动、信息化的科学仪器群和工作线。

蛋白质组研究系统主要包括四个分系统：蛋白质组表达谱分析分系统、蛋白质组修饰谱分析分系统、蛋白质组连锁图分析分系统、蛋白质组定位图分析分系统。重点建立完善多维、多模式、通量化、集成化的蛋白质定性定量分析体系，规模化相互作用及其功能研究体系，以及全方位、立体式的动态蛋白质定位技术体系，揭示人体、动物、植物、微生物在组织（器官）、细胞（亚细胞）和体液（血液、尿液、唾液、脑脊液等）中蛋白质组表达及其翻译后修饰的时空变化和相互作用，系统揭示生物体重要生理功能调控规律和疾病发生发展分子机制，筛选和验证疾病相关的蛋白质标志物、药物靶标和蛋白质药物。

贺福初表示，通过凤凰工程的建设和运行，将进一步提升我国蛋白质组学的定性定量分析能力，全方位、多层次大幅提升蛋白质功能研究能力，有效提升全尺度、高精度的蛋白质结构解析能力，整体提升数据处理分析能力，促进我国蛋白质研究持续创新能力迅速提高，实现重点跨越。