“十二五”时期，我国进入以创新促转型、以转型促发展的新阶段，面对促进经济转型、创新发展模式的艰巨任务，大幅提高科技创新能力的要求日益迫切。2009年，政府科研经费支出占全社会研发经费支出的23%。如何提高政府科研经费的使用效率、更好发挥其引导作用，成为提升我国科技创新能力的重点任务。

当前，我国科研经费管理制度仍存在一些深层次问题。一是科研经费配置分散。科技宏观管理各自为政，经费分配部门过多、计划项目林立，科技部有科技支撑计划、“973”计划和“863”计划，中科院有知识创新工程，发改委、教育部、工程院和自然科学基金委也各有科技计划，导致经费条块分割、重复分散，整体使用效率不高。二是基础研究经费过少。基础研究、应用研究和试验发展经费支出配置不均衡，基础研究经费仅占总支出的4.6%。三是引进消化吸收再创新投入过低。2009年，规模以上工业企业引进国外技术经费支出422亿元，消化吸收经费支出182亿元，比重为1:0.43，远低于日韩等国1:5-8的水平，导致生产线升级和产品改进只能依赖重复引进。

针对这些突出问题，“十二五”规划应制定相应政策措施。一是探索建立国家科研经费统筹管理制度。合理设置各部委的科研经费管理权限，将政府科研经费支出职责归并到一或两个部委内，加强对重大科技计划实施和科技基础设施建设的统筹，强化国家对科研经费使用的总体部署和宏观管理。二是明显提高基础研究经费占科研经费支出的比重。政府科研经费主要用于支持市场机制不能有效解决的基础研究、前沿技术、社会公益性技术、重大共性关键技术等公共科技活动，建立适合基础研究特点的长期稳定资助模式，引导企业和全社会加大相关科技投入，破解经费支出结构失衡难题。三是大力支持引进消化吸收再创新。在政府科研经费中设立消化吸收再创新引导专项资金，用于鼓励和扶持企业开展引进技术的消化吸收再创新活动。