扁桃体和腺样体是人体免疫系统的重要组成部分，与颈部、腋窝、腹股沟淋巴结或淋巴腺类似。扁桃体有两个，分别位于咽部两侧；腺样体只有一个，位于上咽部、鼻腔后方，通常需要借助特殊工具才能观察到。

扁桃体和腺样体均位于呼吸道的入口处，能够捕捉进入呼吸道的有害微生物。它们是免疫系统的一部分，通过对试图进入人体的微生物进行“取样”，帮助免疫系统产生抗体来抗击微生物。扁桃体和腺样体主要在出生后头几年发挥这些作用，随着年龄增长，这种作用会逐渐减弱并消失。

反复感染会使扁桃体增大，堵塞呼吸道并引起吞咽不适。扁桃体周围脓肿、慢性扁桃体炎、扁桃体隐窝内的感染会分泌出干酪样物质，引起口臭，这些都会导致扁桃体疼痛和肿大。虽然扁桃体上也可能发生肿瘤，但较为罕见。

扁桃体细菌感染的首选治疗是抗生素。有时需要将扁桃体和/或腺样体切除。切除的两个主要原因是：抗生素治疗无效的反复扁桃体感染，以及由于扁桃体和/或腺样体增大引起的呼吸困难。这种呼吸不畅导致的鼾声和较差的睡眠质量，会造成成人白天嗜睡和儿童行为异常。长期用嘴呼吸还会导致儿童面部和牙齿畸形。扁桃体和腺样体的慢性炎症还会影响其周围结构如耳咽管，出现反复耳部感染，并有引起听力下降的风险。近期研究表明，腺样体切除有助于患有慢性耳痛并存在中耳积液的儿童症状恢复。

在成年人中，癌症或肿瘤是扁桃体和腺样体切除的另一原因。

在一些患者，特别是传染性单核细胞增多症患者中，严重的扁桃体增大会堵塞气道，这类患者需使用类固醇激素治疗。