常用生物软件（Windows版）是一篇汇总性文章，系统介绍了分子生物学、基因组学、蛋白质组学等领域常用的Windows平台软件。以下为经过深度整理和补充后的专业中文版本，涵盖了基因芯片分析、RNA二级结构预测、序列综合分析、限制酶切位点分析、质粒绘图、引物设计、蛋白结构分析、凝胶图像分析、三维结构显示、显微图像分析、数据统计、文献管理及进化树分析等类别。
一、基因芯片分析
1. 综合芯片分析软件
ArrayVision 7.0：商业版基因芯片分析软件，支持图像分析和数据处理，价格约6900美元。
ArrayPro 4.0：Media Cybernetics产品，以精确著称。
Phoretix Array：Nonlinear Dynamics公司的芯片分析软件。
J-Express：挪威Bergen大学开发的Java应用程序，用于微阵列基因表达数据分析，需安装JRE 1.2。
2. 芯片图像分析软件
ScanAlyze 2.44：斯坦福大学开发的微阵列荧光图像分析软件，支持半自动格栅定义和像素点分析，输出为分隔文本格式。
3. 芯片数据分析软件
Cluster：斯坦福大学开发的微阵列数据聚类分析软件。
SAM（Significance Analysis of Microarrays）：Excel插件，用于微阵列显著性分析，由斯坦福大学编制。
4. 聚类图形显示软件
TreeView 1.5：斯坦福大学开发的Cluster结果可视化软件，已成为标准工具。
FreeView：基于Java的系统树生成软件，功能优于TreeView。
5. 引物设计软件
Array Designer 2.00：用于DNA微阵列的批量引物设计工具。
二、RNA二级结构预测
RNA Structure 3.5：基于Zuker算法和Turner实验室热力学数据，预测RNA二级结构，界面友好，支持多窗口操作。
RNAdraw：Windows下的多文档界面软件，用于RNA二级结构计算，支持右键菜单和RNA文库管理。
loopDloop 2.07b：Java编写的RNA二级结构绘制软件，需Java虚拟机。
Circles 0.1.0：Java编写的RNA二级结构绘制软件，需Java虚拟机。
三、序列综合分析
Vector NTI Suite 8.0：综合性序列分析软件，集成数据库管理、限制酶分析、结构域查找、虚拟电泳等功能，包含3DMol、AlignX、ContigExpress等独立模块。
DNAStar 5.03 (Lasergene Suite)：由EditSeq、MegAlign、GeneQuest等七个模块组成，支持多达64000个片段的拼装，哈佛大学医学院使用。
Omiga 2.0：功能全面的核酸蛋白分析软件，支持序列编辑、同源比较、限制酶切位点查找、引物设计等，界面友好。
DS Gene：Omiga 2.0的升级版，Accelrys公司产品，功能强大，可直接连接GCG服务器。
DNASIS for Windows 2.5：日立软件公司产品，支持序列编辑、质粒作图、数据库查询等。
DNASIS MAX 1.0：DNASIS 2.5的升级版，界面和功能均有提升。
DNATools 5.1：综合性序列分析软件，用户友好，支持多种格式序列导入和项目管理。
BioEdit：序列比对和分析软件，界面简洁，可集成其他比对工具。
Jellyfish 2.1：轻量级序列分析工具，支持DNA翻译、序列比对、限制酶消化等。
Genetools：核酸序列分析软件，具有重复序列/载体查找和CpG岛分析功能。
DNAMAN：多功能序列分析软件，支持限制酶分析、引物设计、序列比对、Blast等。
四、限制酶切位点分析
DNAssist 2.0：可分析环状DNA的限制酶切位点，输出图形和列表，功能完善。
五、质粒绘图
Gene Construction Kit 2.0：质粒构建和克隆策略可视化软件，支持质粒作图、模拟电泳等。
Winplas 2.6：绘制发表级质粒图，支持序列导入、自动识别限制位点、彩色输出等。
Plasmid Premier 2.02：Premier Biosoft公司产品，用于质粒作图、特征分析和设计。
Redasoft Visual Cloning 2000：快速生成专业级质粒载体图，支持限制酶分析、片段模拟克隆等。
SimVector：质粒图绘制软件，支持序列和载体图输出。
Clone Manager：辅助克隆工具，支持限制酶切割、分子重组、质粒作图等。
六、引物分析
Primer Premier 5.0：引物设计软件，支持手动和自动搜索引物，分析二聚体、发夹结构等。
Oligo 6.57：著名引物分析软件，计算Tm值和二级结构。
Primer D'Signer 1.1：免费引物设计辅助软件，专用于pASK-IBA和pPR-IBA载体。
Array Designer 2.00：微阵列引物批量设计工具。
Beacon Designer 1.01：分子信标设计软件，用于定量PCR。
NetPrimer：基于Web的引物设计程序，可本地使用。
七、蛋白二级结构分析
ANTHEPROT 4.5：法国蛋白质生物与化学研究院开发，功能强大的蛋白质分析软件包，支持二级结构预测。
Peptool：氨基酸序列二级结构预测、motif寻找、酶切分析等。
VHMPT：螺旋膜蛋白拓扑结构观察与编辑软件。
MACAW：多序列比对构建与分析工作台，支持block相似性分析和统计学显著性计算。
八、凝胶分析
BandScan 4.30：电泳条带定量分析软件，支持手动/自动条带检测、分子量计算等。
Band Leader 3.0：小巧的凝胶图像分析软件。
TotalLab 2.0：全智能凝胶分析软件，支持DNA、蛋白凝胶、阵列等图像处理。
Quantity One：Bio-Rad公司的1D凝胶分析软件，界面华丽，可生成报告。
QuantiScan 2.1：1D凝胶分析软件，分子量测量准确。
Gel-Pro Analyzer：Media Cybernetics专业凝胶分析软件。
SigmaGel 1.0：SPSS公司凝胶分析产品。
Melanie 3 Viewer：用于查看Melanie 3软件生成的凝胶图像和数据。
PDQuest 6.2.1：Bio-Rad公司2D凝胶分析软件，可同时分析100个凝胶图像并生成数据库。
九、三维结构显示
RasMol 2.7：分子三维结构显示软件，支持多种显示模式，运行快速。
CHIME 2.6：浏览器插件，用于直接观看PDB格式文件。
ICMLite：MolSoft公司免费分子浏览工具，功能强大，图像质量优于RasMol。
POV-Ray 3.5：高质量三维图像渲染工具，用于生成科学级分子图像。
DS Viewer Pro 5.0：Accelrys公司Discovery Studio系列产品。
3D-Mol Viewer：Vector NTI Suite中的三维结构查看工具。
Cn3D：NCBI开发的蛋白质三维结构查看软件，支持结构比较和Blast搜索。
Spdbv (Swiss-PdbViewer)：界面友好的蛋白质结构分析软件，支持叠加比较、氢键计算等，可调用POV-Ray渲染。
Molmol：分子文件格式转换工具，支持30种格式，可输出POV格式用于渲染。
十、生物显微图像分析
Scion Image：免费图像处理与分析工具，NIH Image的Windows版，支持TIFF和BMP格式。
SigmaScan Pro 5.0：数字图像分析软件，30天全功能试用版。
Image-Pro Plus 4.5：Media Cybernetics专业显微图像分析软件。
十一、数据统计
SAS：世界排名第一的统计软件，专业性极强，FDA唯一批准，但操作复杂。
SPSS：世界排名第二，易于操作，功能强大，最新版本11.01，运行速度快。
Origin 7.0：科学数据绘图与数据分析工具，广泛用于期刊统计图制作。
GraphPad Prism：生物学统计、曲线拟合和作图软件，小巧实用。
SigmaPlot 2002：绘图和数据分析软件，支持2D/3D曲线和统计分析。
Simstat：智能统计软件，内置专家系统，适合非统计专业人员。
CurveExpert：用于ELISA标准曲线拟合和实验数据分析，使用方便。
十二、文献管理
Reference Manager 10.0：在线搜索PubMed等数据库，支持本地文献管理，可直接在Word中插入引用并格式化。
EndNote 6.0：专业参考文献查询软件，在线检索文献数据库，自动生成格式化参考文献清单。
十三、进化树分析
Phylip：最通用的进化树分析软件，包含DNA/蛋白质序列分析、距离分析、基因频率分析、简约性分析及树绘制等功能。
PUZZLE：核酸和蛋白序列相似性分析及进化树构建工具，基于最大似然法，支持bootstrap评估。
Paup：商业版系统进化分析软件，功能强大，价格昂贵。