2011年5月中旬，一种被称为肠出血性大肠杆菌（EHEC）的耐抗生素细菌在德国北部集中暴发，导致严重疫情。截至5月27日，共发现1000多例确诊或疑似病例，遍布德国16个州中的15个州，已证实有10人死亡。由于专家建议消费者慎食生西红柿、黄瓜和生菜等蔬菜，德国蔬菜的生产和销售受到很大影响。德国农民协会发言人27日说，据初步估算，EHEC疫情每天给菜农造成的经济损失约达200万欧元。
此次流行的EHEC亚型是经过变异的耐抗生素细菌，疑似超级细菌。德国明斯特大学医院26日宣布，此次疫情是由被称为“Husec41”的EHEC亚型变异引起的。该菌株能产生志贺毒素，导致严重的溶血性尿毒综合征（HUS）和肾衰竭。与以往不同，此次感染主要发生在成年人，尤其是女性，而以往超过80%的EHEC患者为18岁以下儿童。
疫情已不限于德国，与德国北部接壤的丹麦已出现一例初步确诊感染EHEC的病例和至少6例疑似病例。世界卫生组织（WHO）建议，预防EHEC感染的关键是把食物“煮透”，至少使食物中心温度达到70℃。勤洗手和对生鲜蔬菜采取严格的卫生措施，也能有效预防感染。
为快速了解菌种变异信息，汉堡大学医学院主动联系华大基因研究院，委托其对致病性大肠杆菌进行DNA测序和基因组分析。欧洲华大市场总监韩新华表示，华大基因将免费提供测序服务，协助德国研究人员尽快找出致病原因、确定治疗方案，并为药物筛选、新药研发和后期预防提供依据。测序工作将在深圳进行，预计数天内可完成。
EHEC属于大肠埃希氏菌，可导致轻度腹泻、出血性肠炎（HC）、溶血性尿毒综合征（HUS）和血栓性血小板减少性紫癜（TTP）。此次变种亚型可引起较严重的HUS并导致肾衰竭。此前，大规模EHEC疫情多以O157:H7血清型菌株为主，如1996年日本暴发导致9451人发病，2006年美国暴发造成1人死亡、14人肾脏损伤。