2006年4月3日，路透社布鲁塞尔消息：环保组织“地球之友”指控欧盟委员会偏袒生物技术产业，允许转基因作物在有机和传统作物附近种植。在欧盟维也纳会议前夕发布的报告中，地球之友指出，委员会的做法无法避免污染或保障人体健康及环境，而只是确保转基因贸易不受阻碍。

欧盟委员会驳斥这一批评为“荒谬”。过去几年中，欧盟政府一直未能就区分种植三种类型作物的“共存法”达成一致。西班牙是唯一种植商业转基因作物的国家，在该领域经验最为丰富。

欧盟国家在共存法方面缺乏统一立法，部分国家已颁布相关法律，另一些国家正在酝酿。绿色组织认为，在欧盟作物共存法律颁布前，不应种植任何“活”的转基因作物。生物技术产业则声称，转基因作物与非转基因作物共存不会产生问题。

地球之友欧洲分部在报告中称：“转基因农业在欧洲的共存要么会对非转基因作物造成污染，要么需对农业流程进行重大变革。委员会明显倾向于前一种可能。”

2006年2月，欧盟农业委员会委员Mariann Fischer Boel表示，她认为没有必要颁布共存法，这让许多对转基因持怀疑态度的国家失望，因为她此前曾承诺在2006年推动建立强制性欧盟法律框架。

地球之友表示：“委员会对共存法的关注不是要避免污染和保护健康及环境，而是要确保转基因贸易不受阻碍。”自2004年以来，委员会已批准一小批供食用和饲料的转基因作物。委员会农业发言人Michael Mann说：“这是荒谬的——我们不偏袒任何人，目标是构建最合理最理性的系统。在欧洲市场，某些转基因作物已获批准，因为它们已被证明完全安全。如果农民希望种植，应得到允许——共存法只保护那些不想种植转基因作物的人。”

如果委员会要求成员国允许在欧洲农田中引入更多转基因作物，无论在欧洲还是国际上，都必须制定合理的“共存法”。这是欧盟生物技术最具争议性的问题。

生物技术在欧洲政府中继续造成分裂，尤其是在欧盟于2004年取消非正式禁令、批准新转基因作物（如罐装转基因甜玉米）上市之后。

生物技术受到许多希望种植转基因作物的欧洲农民支持。他们坚持认为转基因作物很容易与非转基因作物共存，并引用世界其他地区的转基因种植实验作为证据。

致力于将转基因作物引入英国的业界组织SCIMAC在一份声明中表示：“共存应当是正确选择，不应受到偏见。” SCIMAC称：“有效的共存法意味着农民可以在种植传统有机作物和转基因作物之间做出实事求是的选择。这不应被视作拥护或反对转基因的话题。”