2006年至2012年，全国财政科技支出年均增长22.73%，7年累计达2.42万亿元。然而，中国科协的一项调查显示，在一些高校和研究机构，科研资金用于项目本身的比例仅占40%左右，大量经费流失于项目之外。科技部拟推出国家科技报告制度和创新调查制度，将科研经费管理置于全社会监督之下。
财政部部长楼继伟向全国人大常委会报告指出，全国财政科技支出从2006年的1688.5亿元增至2012年的约5600.1亿元，占同期全国财政支出的4.37%。尽管投入逐年递增，但经费管理问题频发，腐败现象触目惊心。部分学者争抢课题的目的并非开展研究，而是通过申请课题“致富”。
“新华视点”记者梳理近3年数百份审计报告发现，科研经费被“贪”、“吞”、“挪”、“骗”屡见不鲜，用途包括发放工资、福利、建经济适用房、购买汽车，甚至充饭卡、交电话费。例如，2010年至2012年，交通运输部从543项科研项目的15.56亿元预算中安排人员经费1.86亿元，主要用于工资及补贴。浙江大学教授陈英旭被指控通过虚假发票、虚假合同等手段，套取科研经费1022.6646万元。
有评论指出，科研经费腐败已形成“吃经费”的潜规则，从立项、审核、审批到经费拨付、验收、监管，每个环节均受影响。2010年，饶毅和施一公在《科学》杂志撰文，批评科研基金分配体制问题，指出重大战略性项目决定常“内定”，缺乏全面讨论。各级行政管理人员对科技立项有实质性决定权，专家评审流于形式。
《第二次全国科技工作者状况调查报告（2009）》显示，41.8%的科技工作者认为项目申报存在“拉关系、走后门”，38.4%认为“审批程序不透明”。全国人大代表郭乃硕表示，畸形文化背后是刚性制度缺失，尽管多数单位有经费管理制度，但执行不力。我国尚无统一的科研经费财务和会计制度。
财政部财政科学研究所研究员刘军民指出六大问题：人力价值补偿不足、间接成本补偿机制不完善、预算合理性不足、内部监督制衡不健全、预算使用僵化、项目“结题不结账”导致资金闲置。科研经费直接与课题挂钩，立项后资金使用缺乏监督，结题仅看论文数量，导致“结余大量经费”现象。
北京市海淀区人民检察院检察官张小兵表示，部分教授“根本没想到这是严重犯罪行为”。如何遏制腐败？检察官杨秋波认为需立法规范，我国尚无系统法律，导致管理混乱。媒体评论员吴龙贵建议：放权改革学术体制，打破行政主导；收权加强监管；改变评价机制，由重量转重质。
10月26日，科技部部长万钢表示，将建设国家科技报告制度和创新调查制度，反对多头部署、重复支持，科研经费管理要置于全社会监督之下。