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使用引物标记DNA探针

2005-07-18 00:00 未知 未知 阅读 0
核心摘要: 本文介绍了一种使用引物标记DNA探针的技术,作为切口平移法的替代方案。该方法操作简便,能获得高比活度的探针,且对DNA纯度要求较低。详细描述了实验步骤、所需试剂配方及关键提示,适用于分子生物学研究中的探针制备。

本技术是切口平移标记法的替代方案,操作更简便,通常能获得放射性比活度更高的探针。其额外优势在于,即使DNA制备物纯度较低,也能有效工作。

步骤

1. 将20至40 μg目标DNA溶于32 μl双蒸水中,煮沸5至10分钟,然后立即在冰浴中冷却(参见提示#3和#4)。

2. 按以下体系配制标记反应:

32 μl 模板DNA
10 μl 5X寡核苷酸标记缓冲液
2 μl 10 mg/ml牛血清白蛋白
5 μl α-[32P]-dATP(3000 Ci/mmol)
1 μl(2至5单位)Klenow片段

3. 室温孵育反应3至4小时。大部分掺入发生在1小时内,并持续至约3或4小时(参见提示#5)。与切口平移不同,此后放射性不会下降。

4. 使用0.5 ml微量离心管中的小型离心柱或其他优选方法分离未掺入的核苷酸。

5. 放射性标记掺入寡核苷酸的比例通常在50%至80%之间,除非起始DNA量低于20至30 ng。比活度可达约30亿 dpm/μg DNA。

配方

α-[32P]-dATP(3000 Ci/mmol)

10 mg/ml牛血清白蛋白

5X寡核苷酸标记缓冲液(参见提示#1):250 mM Tris-HCl, pH 8.0;250 mM MgCl2;1 M HEPES, pH 6.6;100 μM dTTP;100 μM dGTP;3 ml随机六聚体(在TE缓冲液中280 nm吸光度为90);100 μM dATP

TE缓冲液:10 mM Tris, pH 8.0;1 mM EDTA

提示

1. 5X寡核苷酸标记缓冲液可大量配制,在-20°C保存至少一年。常规使用时,仅需使用一种放射性核苷酸。分装保存,每份解冻后反复冻融不超过一至两个月。缓冲液已包含所需的冷核苷酸,若需使用两种放射性核苷酸标记,需另行配制。

2. 注意!该物质为生物危害品。请查阅该物质的材料安全数据表(MSDS)以获取正确的处理说明。

3. 任何超过约5 ng的DNA量均可使用。理论上,20至40 ng可产生最高比活度的探针。超过100 ng的DNA会降低最终比活度。

4. 超螺旋质粒可能标记效果不佳。可通过延长煮沸步骤解决,或作为最后手段,在标记前将质粒线性化。

5. 若方便,可过夜孵育。

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