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基因组DNA文库的构建方法

2005-07-18 00:00 未知 未知 阅读 0
核心摘要: 本文详细描述了利用转基因烟草植物DNA构建基因组DNA文库的完整流程,包括文库构建、扩增、噬菌斑转移及筛选等关键步骤。通过限制性内切酶BamHI酶切、连接至λZAP Express载体、包装重组噬菌体、文库扩增、硝酸纤维素膜转移及Southern blot筛选等操作,成功构建并筛选了基因组文库。该技术为植物基因组研究提供了重要工具。

基因组DNA文库的构建是分子生物学研究中的一项基础技术,用于存储和扩增生物体的全部遗传信息。本文详细描述了利用转基因烟草植物DNA构建基因组文库的完整流程,包括文库构建、扩增、噬菌斑转移及筛选等关键步骤。

1. 文库构建
取2微克经基因修饰的烟草植物基因组DNA,用60单位的限制性内切酶BamHI进行酶切,随后将酶切产物连接到预先用BamHI酶切的λZAP Express载体(Stratagene, USA)的BamHI位点。使用Gigapack III Gold包装提取物(Stratagene, USA)按照制造商说明包装重组λ噬菌体。将所得文库中的3.0×10^5噬菌斑形成单位(pfu)涂布于NZY琼脂平板(含5 g/L NaCl、2 g/L MgSO4·7H2O、5 g/L酵母提取物、10 g/L酪蛋白水解物、15 g/L琼脂,pH 7.5),以XL1-Blue MRF菌株为宿主,37°C过夜培养。

2. 文库扩增
为制备大量、稳定、高滴度的文库储备液,对文库进行扩增。取含5×10^4 pfu的噬菌体悬液涂布于150 mm NZY琼脂平板,37°C过夜培养。随后在平板上覆盖SM缓冲液(含5.8 g/L NaCl、2 g/L MgSO4·7H2O、1 M Tris-HCl pH 7.5、2%明胶),4°C过夜使噬菌体扩散至缓冲液中。收集各平板的噬菌体悬液,500×g离心10分钟去除细胞碎片,上清液转移至无菌聚丙烯管中保存。

3. 噬菌斑转移
将文库以50,000 pfu/平板的密度涂布于150 mm NZY琼脂平板,37°C过夜培养。将硝酸纤维素膜(Stratagene, USA)置于平板上2分钟以转移噬菌体颗粒。转移前将平板在4°C预冷1小时,防止琼脂粘附于膜上。用针头在膜和琼脂上刺孔以标记方向。将膜在变性液(1.5 M NaCl、0.5 M NaOH)中处理2分钟,随后在中和液(1.5 M NaCl、0.5 M Tris-HCl pH 8)中处理5分钟,最后在漂洗液(0.2 M Tris-HCl pH 7.5、2×SSC)中漂洗30秒。用紫外透射仪将DNA交联至膜上。

4. 文库筛选
通过Southern blot分析筛选基因组DNA文库。使用Gene Images随机引物标记试剂盒(Amersham Life Science, UK)标记三个DNA探针(分别来自不同的DNA消减产物),用于筛选。挑取阳性克隆,从λZAP Express载体中切出重组pBK-CMV噬菌粒质粒(Stratagene, USA)。利用ExAssist辅助噬菌体(含琥珀突变,可在非抑制型大肠杆菌XLOLR中阻止噬菌体基因组复制)进行pBK-CMV噬菌粒的体内切离。将切离的噬菌粒稀释液与200 μL XLOLR细胞混合,37°C孵育15分钟,加入300 μL NZY肉汤后继续孵育45分钟。将细胞混合物涂布于含50 μg/mL卡那霉素的LB平板,37°C过夜培养。挑取单菌落提取质粒,用BamHI酶切后通过1%琼脂糖凝胶电泳(TAE缓冲液)检测插入片段。

参考文献
Stratagene. ZAP Express Predigested Vector Kit Instruction Manual. La Jolla, CA: Stratagene; 2003.

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