SLC6A3 3' VNTR多态性是指位于多巴胺转运蛋白基因(SLC6A3)3'非翻译区(3'-UTR)的一个40 bp可变数目串联重复序列(VNTR)。该多态性影响基因表达和蛋白质功能,与多种神经精神疾病(如注意缺陷多动障碍、帕金森病、成瘾等)相关。本文详细描述了该多态性的PCR检测方法。
实验步骤
模板:基因组DNA 100-200 ng,反应总体积20 μL。
引物:
正向引物(DATVNTRF):5'-TGTGGTGTAGGGAACGGCCTGAG-3'(终浓度0.2 μM)
反向引物(DATVNTRR):5'-CTTCCTGGAGGTCACGGCTCAAGG-3'(终浓度0.2 μM)
dNTPs:终浓度200 μM。
缓冲液:终浓度1.5 mM MgCl2,50 mM KCl,10 mM Tris-HCl pH 8.3。
DMSO:终浓度5%。
Taq DNA聚合酶:1.0 U/反应。
PCR循环程序:95°C预变性5分钟;然后94°C 30秒,62°C 30秒,72°C 30秒,共30个循环;最后72°C延伸5分钟。
产物大小:根据重复次数不同,产物长度如下:
12次重复:564 bp
11次重复:524 bp
10次重复:484 bp
9次重复:444 bp
7次重复:364 bp
3次重复:199 bp
检测方法:2%琼脂糖凝胶电泳,溴化乙锭(EtBr)染色。
注意事项:该多态性在不同人群中等位基因频率差异显著,实验时需设置阳性对照。此外,DMSO的添加有助于解开GC-rich区域的二级结构,提高扩增特异性。