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浙江大学等机构在《自然·生物技术》发表文章:多平台评估外源RNA对照在芯片性能分析中的应用

2006-10-03 01:24 张迪 生物通 阅读 0
核心摘要: 来自FDA、浙江大学等机构的研究人员对外源RNA对照在多平台基因表达分析中的行为和效用进行了系统评估,研究成果发表于《自然·生物技术》。研究评估了两类ERC,通过多个商业芯片平台获得浓度-反应曲线,识别分析问题及变量来源,为未来多平台分析性能评估中ERC的使用提供了基础。

来自美国食品药品监督管理局(FDA)国家毒理学研究中心、浙江大学药物信息学研究所、安捷伦科技公司、GE医疗集团、Z-Tech有限公司、昂飞公司(Affymetrix)以及Applied Biosystems(ABI)等机构的研究人员,对外源RNA对照(ERC)在多平台基因表达分析中的行为和效用进行了系统评估。该研究成果发表于《自然》杂志子刊《自然·生物技术》上。

该研究的浙江大学代表为药物信息学研究所的范骁辉研究员,而实验领导人为FDA的石乐明博士。石乐明博士毕业于湖南大学,在中国科学技术大学获得硕士学位,在中国科学院化学研究所获得博士学位。同期《自然·生物技术》的MAQC专题中,还有两篇由他领导完成的文章也围绕这一主题展开,其中涉及MicroArray Quality Control (MAQC)项目的研究文章值得关注,参与单位达51所,是一项国际性的研究进展。

在过去的十年里,芯片技术在基因表达研究中发挥了举足轻重的作用,但不同芯片平台获得的结果存在差异甚至矛盾,引发了对其可靠性的质疑。MAQC计划因此诞生,旨在为相关数据分析和争论提供标准。外源RNA对照是MAQC的重要组成部分,也是评估芯片分析性能的关键指标,但此前未得到充分利用。本研究对两类ERC进行了评估:一类在样品扩增和标记之间加入总RNA中,另一类在杂交之前加入cRNA中。通过多个商业芯片平台获得ERC浓度-反应曲线,识别出分析过程中的问题及潜在变量来源,并检测了不同ERC类型的行为。这些评估为未来多平台分析性能评估中ERC的更好使用奠定了基础。

参考文献:
Nature Biotechnology 24, 1132–1139 (2006). doi:10.1038/nbt1237
Nature Biotechnology 24, 1151–1161 (2006). doi:10.1038/nbt1239
Nature Biotechnology 24, 1162–1169 (2006). doi:10.1038/nbt1238

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