来自中科院上海分子生物学国家重点实验室和中科院上海生化与细胞研究院蛋白组分析中心的研究人员在最新一期的《Nature Genetics》杂志上发表了一项关于蛋白组学和芯片技术在检测小鼠基因组外显子方面的比较研究。

该研究为外显子研究提供了大量数据，并为相关研究人员提供了方法学指导。研究人员利用蛋白组学方法对预测的小鼠基因组外显子序列进行了验证。

去年，Frey等人预测了114万小鼠基因组外显子序列，其中155,839个序列是通过外显子芯片方法和GenRate运算法则识别的。在此基础上，研究人员挑选了74,377个多肽进行了蛋白序列和假设外显子的直接比对。

为了简化比较，研究人员筛选了Frey的1,123,691个外显子全部的三种positive-strand结构，从中理论性地翻译了6,949,321个假设多肽——包含至少6个氨基酸。

结果发现，以质谱技术为基础的蛋白组学分析方法与以芯片技术为基础的分析方法在检测外显子方面结果基本一致。蛋白组学方法可以直接检测通过gene-mining运算方法预测的外显子，也被证明可以成功用于检测高丰度外显子。