美国国立卫生研究院(NIH)利用由“路标计划”(Roadmap Plan)管理的新基金,正式启动了其表观基因组学研究计划。该计划旨在通过开发创新工具和技术,深入探索表观遗传学在疾病研究、诊断和预防中的应用。
该计划包括多个资助项目:首先,“表观遗传学技术开发”项目将为4到8名研究人员提供两年共350万美元的经费,用于开发能够显著改善表观遗传学研究途径的新型工具。其次,一个附属的“表观遗传技术开发”计划将提供350万美元,资助3到5个项目开发更为成熟的工具,以促进表观遗传学方法在疾病研究、诊断和预防中的应用。
此外,NIH还设立了“参考表观基因组图谱中心”(Reference Epigenome Mapping Centers),每年提供1000万美元经费,用于开发人类胚胎干细胞、分化细胞、细胞系和组织的参考表观基因组。同时,一个“表观基因组数据分析和协调中心”(Epigenomic Data Analysis and Coordinating Center)将在5年内每年获得150万美元资助,负责支撑参考表观基因组图谱中心,并将标准化数据传递给美国国家生物技术信息中心(NCBI),以供保存和公共使用。
“哺乳动物细胞新表观遗传标志物发现”计划将在三年内每年提供350万美元,资助4到6个研究人员或研究中心,目标是建立和利用哺乳动物细胞中稳定、沉默和基因表达激活的新途径。另一项附属计划将在两年内每年提供350万美元,支持5到8名研究人员,旨在确定真核生物中基因表达活化、沉默和稳定的新途径,进而用于人类疾病病理学研究。
表观遗传学是与遗传学相对应的概念。遗传学指基于基因序列改变(如基因突变、杂合丢失和微卫星不稳定)所致的基因表达水平变化;而表观遗传学则指基于非基因序列改变(如DNA甲基化和染色质构象变化)所致的基因表达水平变化。表观基因组学是在基因组水平上对表观遗传学改变的研究。
DNA甲基化是指在DNA甲基化转移酶的作用下,在基因组CpG二核苷酸的胞嘧啶5'碳位共价结合一个甲基基团。正常情况下,人类基因组中“垃圾”序列的CpG二核苷酸相对稀少且处于甲基化状态,而大小为100-1000bp、富含CpG二核苷酸的CpG岛则处于未甲基化状态,并与56%的人类基因组编码基因相关。人类基因组序列草图分析显示,人类基因组约有28890个CpG岛,大部分染色体每1Mb有5-15个CpG岛,平均每Mb含10.5个CpG岛,CpG岛数目与基因密度密切相关。由于DNA甲基化与人类发育和肿瘤疾病密切相关,特别是CpG岛甲基化导致抑癌基因转录失活,DNA甲基化已成为表观遗传学和表观基因组学的重要研究内容。