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陈竺院士:人类基因组计划——从测序到精准医学的里程碑

2007-10-02 09:25 陈竺 清华大学演讲 阅读 0
核心摘要: 陈竺院士系统阐述了人类基因组计划的科学意义、技术演进及医学应用。文章从遗传学中心法则出发,介绍了基因组概念、测序策略(如鸟枪法)、中国参与1%测序的贡献,以及功能基因组学、SNP、药物遗传学等前沿领域。强调基因组信息在疾病诊断、基因治疗和预防医学中的价值,并探讨了伦理问题。中国基因组计划自1994年启动,已取得显著成就,未来将聚焦中华民族SNP研究,推动精准医学发展。

主讲人简介

陈竺:中国科学院副院长,分子生物学家,江苏镇江人。1989年获法国巴黎第七大学博士学位,上海第二医科大学附属瑞金医院教授、研究员,国家人类基因组南方研究中心主任,上海血液学研究所所长。

内容简介

人类基因组计划首次在生命科学中实现了整体遗传信息的解析,开启了基因组功能研究的新纪元。基因组是一个生命体遗传信息的总和,其储存单位是基因,载体为脱氧核糖核酸(DNA)。在多细胞生物中,不同细胞、组织、器官之间通过遗传学中心法则进行信息流动。DNA双螺旋结构的发现是20世纪生命科学最伟大的突破之一,四种碱基(A、T、C、G)构成了复杂的遗传语言。绝大多数人类疾病由多基因控制。人类基因组计划于1990年正式启动,目标在15年内(至2005年)完成人类基因组DNA全序列测定。测序技术从凝胶电泳发展到毛细管电泳,速度大幅提升,中国承担了1%的测序任务。2000年4月,21号染色体全序列草图完成。如今,生物芯片可容纳人类全部基因,未来医疗将结合个体基因组信息进行精准诊断与用药。通过比较不同进化阶段的生物基因组,可揭示基因组结构与功能调控的规律。疾病基因研究已成为人类基因组计划的重要组成部分,1997年提出的肿瘤基因组解剖计划与环境基因组计划均与健康密切相关。人类基因组计划对医学的贡献体现在基因诊断、基因治疗及预防医学。中国基因组计划于1994年启动,采取结构与功能并重、多学科交叉的策略,现已发现并命名了几乎所有染色体上的基因(除Y染色体外)。近期启动的中华民族基因组SNP大规模研究,旨在建立中国人群遗传变异数据库,为生物医学和制药工业提供知识产权,造福后代。

全文

当然,清华大学是我国最高学府之一,今天到此诚惶诚恐,主要是来求教。人类基因组研究首次在生命科学中实现了大科学概念,即整体遗传信息的解析与基因组功能研究。生物学已从70、80年代的分析为主,转向大综合平台。东西方融合——西方严谨分析与东方综合思维——可能带来新突破。遗传学中心法则揭示了生命活动的本质是信息流动:生命信息的储存单位是基因,载体为DNA,执行单位是蛋白质。信息流动需调控机制:转录(DNA到mRNA,语言不变)和翻译(mRNA到蛋白质,语言转换)。蛋白质具有代谢活性,形成高级空间构型,细胞核与细胞浆相互作用,多细胞生物中细胞、组织、器官间信息流动。

基因组即生命体遗传信息的总和,涵盖所有基因及其编码氨基酸的关系。DNA双螺旋结构由A、T、C、G四种碱基组成,构成复杂遗传语言。遗传信息在DNA分子中排列组合,决定生命活动如生老病死。DNA长度以碱基对(bp)衡量,基因常为数千bp,引入千碱基对(kb),基因组尺度用百万碱基对(Mb)。人类单倍体基因组长约30亿碱基对,编码序列(基因)小于5%,非编码序列占绝大多数。遗传信息以染色体方式组织,分布于22个常染色体和2条性染色体。80年代中期,遗传工程、DNA测序和PCR技术成熟,促使科学家突破作坊式研究,开展大科学项目。

科学研究需结合基础与社会需求。人类基因组计划是典型例子。1986年诺贝尔奖得主Dulbecco在《科学》杂志发表短文《肿瘤研究的转折点——人类基因组研究》,被视为第一份标书。美国肯尼迪总统曾提出登月与战胜癌症两大计划,登月成功,但攻克肿瘤失败,因肿瘤涉及多基因和整个基因组紊乱。Dulbecco指出,要理解癌症需关注细胞基因组,从人类基因组入手。人类基因组计划于1990年正式启动,预算30亿美元(测一个碱基对约1美元),目标2005年完成全序列测定。测序需将染色体分解为可操作单位,通过遗传图、物理图、序列图和基因图实现。大规模测序策略有两种:逐个克隆法(公共领域采用)和全基因组鸟枪法(Celera公司采用)。毛细管电泳仪等新技术使测序速度大幅提升,如Megabace仪器两小时可读数百碱基,一天产出100万碱基对。生物信息爆炸令人印象深刻。

1999年,面对Celera挑战,国际人类基因组计划决定加速,中国承担1%任务。工作框架图(草图)要求覆盖基因组90%以上,错误率低于1%;最终完成图要求覆盖率99.9%以上,错误率低于万分之一。2000年6月,公共领域覆盖约86.8%基因组,Celera声称超过95%。1999年12月22号染色体常染色质全序列完成,2000年4月21号染色体完成。2001年2月,公共领域在《自然》发表高质量草图,Celera在《科学》发表。人类基因数量约3万-4万,仅比线虫多一倍,但基因长度更长(人类平均100 kb一个基因),剪接和调控更复杂。蛋白质结构域数量有限,但高级生物有更丰富的组合。单核苷酸多态性(SNP)导致个体间差异,单倍体差异约1/1250,能改变蛋白质的不到1%。

功能基因组学包括:人类基因组DNA序列变异性(核心为SNP)、基因组表达调控、模式生物研究、生物信息学。SNP决定疾病易感性和药物反应性。药物遗传学显示,药物代谢酶存在遗传多态性,影响疗效和毒性。基因组表达研究需高通量结构生物学,生物芯片可点样人类全部基因。模式生物研究通过比较基因组揭示进化规律。人类疾病相关基因是基因组完整性的关键。过去十年,单基因疾病基因发现得益于定位克隆和定位候选克隆。健康相关研究是HGP重要组成部分,1997年提出肿瘤基因组解剖计划与环境基因组计划。人类基因组计划对医学贡献包括基因诊断、基因治疗和预防医学。中国一贯提倡预防为主,早期识别疾病易感基因并干预。生物技术深入细胞、胚胎和组织水平,推动干细胞技术应用。造血干细胞移植是干细胞治疗最成功的范例。

基因组计划涉及伦理学:人类基因组DNA序列是全人类共同财富,应造福全人类,反对数据垄断。采集样品需知情同意,防止基因歧视。中国人类基因组计划于1994年启动,从功能基因组切入,发挥遗传资源优势,采取结构与功能并重、多学科交叉策略。现已发现并命名几乎所有染色体上的基因(除Y染色体外)。近期启动中华民族基因组SNP大规模研究,转向中国人群疾病遗传学信息研究。建立中华民族生物元素变异系统目录和数据库,将为我国生物医学和制药工业提供知识产权,造福后代。感谢所有为人类基因组学做出贡献的前辈、专家和领导。

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