台湾疾病管制局预测，一旦禽流感疫情暴发，在14天之内，台湾会有530万人遭感染。为应对可能的疫情，台湾泛蓝“立委”表示，依据世界卫生组织（WHO）建议，台湾至少应准备230万剂抗流感药物“达菲”（奥司他韦），但目前还缺少214万剂。为此，泛蓝“立委”将提案要求瑞士罗氏药厂根据国际法生命权高于专利权原则，授权台湾自制“达菲”。

据台湾农委会官员报告，海岸警卫队10月14日拦截的一艘货船上发现的鸟类经检测带有H5N1病毒。船上载有上千只走私鸟类，据说它们来自福建。农委会立即销毁货船上所有的鸟。目前尚无船员有被感染迹象。

11月，农委会又在台南市雁鸭科候鸟的粪便中检测到禽流感H7N3病毒。而去年暴发的H5N2病毒感染曾导致40万只家禽被宰杀。台湾家畜卫生试验所所长林士钰表示，“H5N2”弱毒株不会人禽共通传染，与强毒株“H5N1”不同。对弱毒株，各地区处理方式有不同。在台湾是采取“高规格”方式处理，全场扑杀，主要是为避免弱毒株基因重组，转成强毒株。虽然台湾农委会的明快处理及防范值得肯定，不过，台湾的禽类销售也随之一落千丈。