一项发表于《自然·通讯》的研究通过对210名代谢相关脂肪性肝病（MASLD）患者和210名年龄、性别匹配的健康对照者进行整合分析（鸟枪法宏基因组学、真菌ITS2测序、粪便代谢组学和临床表型分析），发现MASLD的特征是细菌、病毒和真菌群落的协调破坏，以及与疾病相关的胆汁酸变化相关的噬菌体-细菌-代谢物轴的紊乱。研究显示，MASLD中微生物多样性降低，跨界生态网络发生广泛重塑。Ruminococcus gnavus成为富集的中心枢纽，而Faecalibacterium prausnitzii及其相关噬菌体则被消耗。噬菌体-宿主分析进一步揭示，针对R. gnavus的裂解活性降低以及硫氨基酸代谢相关辅助代谢基因的丢失，这可能损害F. prausnitzii的适应性。噬菌体控制的减弱可能促进R. gnavus的扩张，同时伴随着粪便异脱氧胆酸（一种与肝脂肪变性相关的次级胆汁酸）的增加。一个整合了细菌和病毒特征与临床参数的诊断分类器能够区分本队列中的MASLD与对照组，并在两个外部数据集中保持预测性能。这些发现共同揭示了MASLD中破坏的噬菌体-细菌-代谢物轴，并为非侵入性生物标志物发现和靶向微生物组的治疗提供了一个多界框架。

研究背景与意义

代谢相关脂肪性肝病（MASLD）日益与肠道微生物群失调相关，但大多数研究集中在细菌上，忽略了病毒和真菌及其相互作用。本研究旨在通过多界（细菌、病毒、真菌）图谱揭示MASLD中肠道微生态的全面变化。

主要发现与诊断潜力

研究首次系统揭示了MASLD患者肠道中噬菌体-细菌-代谢物网络的紊乱，特别是噬菌体对关键细菌（如F. prausnitzii）控制力的减弱与致病菌（如R. gnavus）的扩张相关联。基于微生物特征构建的诊断模型展现了良好的区分能力，为MASLD的非侵入性诊断和发病机制理解提供了新视角。

参考文献

Zhou, X., Zheng, Y. et al. (2026). Multi-kingdom profiling reveals altered gut phage-bacteria-metabolite interactions in MASLD. Nature Communications. DOI: 10.1038/s41467-026-71981-0

该研究通过整合宏基因组、真菌ITS2测序和代谢组学，对MASLD患者和健康对照的粪便样本进行了多界（细菌、病毒、真菌）分析。研究发现MASLD患者肠道中噬菌体-细菌-代谢物相互作用网络发生显著重塑，表现为Ruminococcus gnavus富集、Faecalibacterium prausnitzii及其相关噬菌体减少，以及次级胆汁酸（isodeoxycholic acid）水平升高。基于微生物组特征的模型能有效区分MASLD患者与对照。研究团队来自复旦大学等机构。