据美国疾病控制与预防中心（CDC）2006年1月14日发布的报告，亚特兰大州政府首次强烈建议医生停止使用两种常用的抗流感病毒药物——金刚乙胺（rimantadine）和三环癸胺（amantadine）。主导流感菌株A型H3N2已对这些药物产生高度抗药性。

CDC在本流感季节检测发现，高达91%的流感病毒样本对金刚乙胺和三环癸胺具有抗药性，而去年这一比例仅为11%。这一显著增长引发了公共卫生专家的担忧，尤其是在禽流感可能人传人的背景下。此前，健康专家曾寄希望于两种新型抗病毒药物——奥司他韦（Tamiflu）和扎那米韦（Relenza），它们对禽流感更有效。然而，随着这些新药被广泛用于治疗普通流感，病毒产生抗药性的风险也随之增加。新药对A型和B型流感均有效，而旧药仅针对A型。

CDC从H3N2菌株中测试了120株流感A病毒，发现其中109株对两种旧药产生抗药性。两年前，这一比例不到2%。流感专家William Schaffner博士指出，这种令人不安的趋势已出现在其他疾病中，如结核病和艾滋病病毒，它们已对一线药物产生耐药性。目前，奥司他韦在大多数地区可购买，是主要的抗病毒药物。专家尤其担心禽流感可能演变为人类大流行病。在亚洲，禽流感虽感染人类病例不多，但官员担忧病毒突变后更易传播，可能引发全球流感大流行。