韩国司法机关介入“黄禹锡论文造假”事件后，开始调查110亿韩元（约合112万美元）科研经费的去向。调查中，一位地位显赫、掌握实权的总统府信息科技助理官朴基荣逐渐浮出水面。朴基荣承认曾收取黄禹锡提供的2.5亿韩元科研经费，引发舆论哗然，民众呼吁司法机关彻底揭开这一“黑幕”。

据查，黄禹锡近5年来共获得政府及民间提供的100多亿韩元科研经费。这笔巨款的流向尚不明确，除落入朴基荣手中的部分外，其他经费去向仍在调查中。黄禹锡为何向朴基荣提供资金？朴基荣毕业于韩国延世大学生物系，1992年起在顺天大学担任教授，2004年被任命为总统信息科技助理，并兼任国家科技中心社会推进企划团团长。2002年底卢武铉总统上任后，朴基荣被任命为总统接管委员会第二经济专业委员会委员，次年任总统咨询政策企划委员会未来战略专业委员会委员长，在科技政策制定中发挥了重要作用。

2001年，黄禹锡与朴基荣相识。当时朴基荣担任顺天大学生物学教授兼“经实联”科学技术委员会委员长。“经实联”是韩国最具影响力的民间团体之一。当时，黄禹锡因宣布成功克隆人类胚胎干细胞而遭到“绿色联合会”等团体和宗教界的强烈反对。2001年7月初，朴基荣不顾反对，以“经实联”科学技术委员长身份为黄禹锡辩护，称“应该允许人类胚胎干细胞的研究”。黄禹锡对此万分感激。5个月后，黄禹锡向朴基荣提供了1.5亿韩元科研经费，二人心照不宣。据韩国《中央日报》报道，朴基荣获得这笔“科研经费”后步步高升，成为总统府红人，并在科学界拥有极大影响力。

随着朴基荣影响力扩大，黄禹锡又向她提供了一个科研项目，并追加1亿韩元。此后，黄禹锡的“克隆猪”研究突飞猛进，研究经费从2003年的7亿韩元猛增至2004年的65亿韩元。更令人费解的是，2004年黄禹锡在《科学》杂志上发表的胚胎干细胞论文中，共有15位作者，朴基荣位列第13位。朴基荣如何成为论文作者，也是目前司法机关调查的疑点之一。首尔大学调查委员会明确指出：“朴基荣根本没有发挥什么作用。”

黄禹锡事件被揭穿后，朴基荣于10日提交辞呈。韩国舆论认为，朴基荣“2.5亿韩元经费”案只是“冰山一角”，疑云重重，期待此案水落石出。