吸收外源DNA的细菌和古细菌配备有宿主免疫系统，该系统能识别和清除外来DNA。其中一个这样的系统是由CRISPR基因调控的，它们编码小RNA（crRNA）。CRISPR位点由重复序列和间隔序列组成。当crRNA间隔序列与互补性的入侵DNA成对时，它便被标记为要清除掉。

Luciano  Marraffini  和  Erik  Sontheimer解决了以下问题：CRISPR位点本身内的间隔DNA如何不被当成外来的；间隔DNA之外的序列能够与crRNA完美配对，而入侵DNA则无法匹配。这种类型的差异互补性可能是很多自我/非自我识别（所有免疫系统中的一个关键功能）的机制。