2009年11月27日，中国农业部批准了两种转基因水稻（“华恢1号”和“Bt汕优63”）以及一种转基因玉米的安全证书，这是中国首次为转基因水稻颁发安全证书。随后，中央文件提出“在科学评估、依法管理基础上，推进转基因新品种产业化”，标志着中国可能即将开放转基因水稻的商业化种植。然而，这一决定引发了广泛担忧：转基因大米的安全性如何？中国是否会陷入外国专利陷阱？
转基因水稻的潜在优势：农业部指出，转基因水稻具有减轻病虫害、降低生产成本和提高产品附加值等优势。华中农业大学教授张启发，作为转基因水稻安全证书的获得者，于2010年1月高调宣布“转基因水稻最迟5年内走上中国人的餐桌”。
安全性争议：华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室引用小鼠灌胃实验，声称即使每天食用500克转基因稻米，连续吃657年也是安全的。然而，水稻专家袁隆平强调，政府应特别慎重批准转基因植物商业化，因为科学家无法完全预知转基因改造可能导致的突变及其对环境和人类的长期影响。中国科学院植物研究所首席科学家蒋高明指出，转基因大米的安全性并未解决，并引用法国科学家2007年发现孟山都转基因玉米对小鼠肝脏和肾脏具有毒性的研究，以及2009年法国生物技术委员会宣布转基因玉米“弊大于利”的决定。蒋高明认为，转基因存在三方面不确定性：对生命结构改变后的连锁反应、食物链潜在风险、以及污染、增殖和扩散的清除途径。
外国专利陷阱：绿色和平组织食品与农业项目组主任方立锋警告，即使相关专利未在中国获得授权，专利持有人仍可通过其他手段实现控制。例如，孟山都公司虽未在阿根廷为其转基因大豆申请专利，但自20世纪90年代起已完全控制该国大豆生产。方立锋认为，中国一旦商业化种植涉及国外专利的转基因水稻，将不可避免地受制于人，导致主粮控制权丧失，威胁粮食主权和安全。
增产效果质疑：蒋高明质疑转基因水稻声称的8%增产幅度，认为相对于巨大生态风险可以忽略不计。他对比指出，袁隆平的杂交水稻已从每亩300多公斤提高到近900公斤，才是真正的增产。环境保护部南京环境科学研究所研究员薛达元强调，国外从未批准主粮转基因品种商业化生产，美国虽批准转基因玉米和大豆用于饲料和榨油，但从未批准转基因小麦商业化，因为小麦是西方主粮。因此，中国对转基因水稻商业化应慎之又慎。