世界卫生组织指出，目前市场上的转基因食品可能不会对人体产生危害。2009年底，中国农业部向两种转基因水稻和一种转基因玉米颁发了安全证书，随后启动了约200亿元人民币的转基因生物新品种培育科技重大专项，旨在培育抗病虫、抗逆、优质、高产、高效的转基因生物新品种。然而，国内外专家对此争议不断，有观点认为转基因技术可能被西方用于控制中国粮食命脉，而国内相关专家却保持沉默。

转基因大米比饮用水还安全？2009年10月，华中农业大学研发的转基因抗虫水稻“华恢1号”和“Bt汕优63”获得农业部生产应用安全证书。世界卫生组织在2002年发布的《关于转基因食品的20个问题》中表示，转基因食品需逐案评估，目前国际市场上的转基因食品已通过风险评估，可能不会对人类健康产生危险。华中农业大学解释，Bt蛋白作为抗虫剂已有70多年历史，未发现中毒或过敏案例。实验表明，转基因大米中的Bt蛋白含量远低于国家标准中饮用水的亚硝酸盐含量，因此比饮用水更安全。

基因漂移的争议反对者担心转基因作物的基因可能漂移到其他物种。中国科学院植物研究所研究员蒋高明认为，基因交流在自然界主要发生在同种或同属物种之间，而转基因技术实现了跨物种基因交流，可能带来安全风险。华中农业大学则回应，水稻是自花授粉植物，花粉传播距离短，且田间无野生稻，因此不存在基因漂移问题。转入的Bt基因只赋予水稻抗虫功能，不影响其他基因，且Bt蛋白只杀死特定害虫，不危害生态环境。

公众参与的必要性转基因技术的透明度不足是争议的另一焦点。专家薛达元指出，农业部将转基因商业化过程神秘化，忽视了公众的知情权。他建议建立公众参与的转基因作物风险评估体系。蒋高明认为，安全评估专家中三分之二为生物技术专家，缺乏生态、医学等多领域专家。华中农业大学则强调，转基因安全评估具有专业性，转基因专家占多数是合理的，并承认科普工作不足，已通过博客“绿道”等渠道加强公众沟通。