转基因主粮的安全性一直是公众关注的焦点。出于严格的安全考量，欧盟、日本和韩国等对转基因作物的生产和进口设置了重重限制。然而，由于反对者未能提供确凿证据证明转基因作物有害，美国和中国倾向于推广转基因作物。

2009年11月27日，中国农业部农业转基因生物安全管理办公室批准了“华恢1号”、“Bt汕优63”两种转基因水稻和BVLA430101转基因玉米的安全证书，使中国成为世界上第一个为转基因主粮商业化种植“开绿灯”的国家。2010年1月31日公布的中央一号文件进一步提出“在科学评估、依法管理基础上，推进转基因新品种产业化”。

转基因技术通过分子生物学手段，将具有特殊功能（如抗病虫害、增加营养成分）的基因转移到其他物种中，人为改变生物DNA，以满足人类需求。以这些转基因生物为直接食品或原料加工生产的食品，即为转基因食品。外源基因可能来自植物、动物甚至微生物，通过人工手段与新的遗传背景融合。目前科学水平尚不能完全精确预测“好基因”在新背景中的适应性及潜在风险。然而，与传统品种相比，转基因食品通常更高产、抗病虫害能力更强，能在短期内大幅提高农作物产量和质量。

但转基因作物也存在弊端。它们对农药化肥有特殊要求，只能使用转基因种子公司指定的产品，相关专利掌握在少数科学家和公司手中，推广转基因作物将带来巨大利益。公众对“转基因主粮”的主要担忧之一是某些含抗虫基因的作物含有BT毒蛋白（来自细菌Bacillus thuringiensis）。这种毒蛋白对特定物种有毒，会残留在土壤中影响生态系统。虽然目前不能确认长期摄入对人体的伤害，但心理上仍存忧虑。

国外研究指出，转基因食品可能对肝脏、肾脏和免疫系统产生负作用。尽管负作用尚不可估量，欧盟和日韩等国仍采取严格限制。美国是转基因技术采用最多的国家，大豆、棉花和玉米等作物中转基因比例较高，但多数批准生产的转基因食品是西红柿、土豆等非主粮。中国于2005年加入《卡塔赫纳生物安全议定书》，要求对转基因生物进行严格风险评估、风险管理，并增加决策透明度和公众参与。