在孟山都看来，他们的使命是“为即将增长到95亿的地球人口提供充足的食物”。然而，在公众眼中，这家公司却常常与“阴谋”、“新鸦片战争”等词汇联系在一起。绿色和平组织甚至将其称为“生命海盗”。这种巨大的认知鸿沟，源于转基因技术本身的争议性以及孟山都的商业策略。

2010年4月初，绿色和平组织的一份报告再次将转基因作物推向风口浪尖。报告称，在中国湖北、湖南、福建和广东的七个大米和米粉样品中检测出违法转基因成分，而湖北和湖南的种子市场上仍有非法转基因水稻种子销售。尽管孟山都并非全球唯一出售转基因种子的公司，但它却成为反对者的主要靶子。原因在于，全球种植的转基因农作物种子中，约90%的生物技术来自孟山都或其授权。

孟山都常被比作“转基因研究及应用领域的微软”——技术领先、市场占有率极高，且坚决捍卫专利。然而，这种垄断地位也引发了诸多批评。经济学家郎咸平将孟山都的商业模式描述为“阴谋”；美国作家F·威廉·恩道尔认为转基因技术是“一场新的鸦片战争”；法国导演玛丽·莫妮卡·罗宾拍摄了纪录片《孟山都的首创：毒剂和基因》；绿色和平组织则称其为“生命海盗”。面对这些指责，孟山都中国区总裁艾博文（Kevin Eblen）表示困惑：“我们只是生产更高质量的产品，农民认为我们的种子好，所以购买。我不明白为什么这会被视为阴谋。”

艾博文指出，媒体对孟山都的报道存在许多错误，例如“将三文鱼基因转移到玉米中”的说法纯属误解。实际上，孟山都作物中添加的BT抗虫基因来源于土壤中广泛存在的细菌，许多有机农业使用的“无毒环保”杀虫剂中也含有这种基因。

孟山都的商业模式高度依赖专利。2009年，其117亿美元全球营收中，65%-70%来自转基因种子和专利授权，其余来自畅销30多年的“农达”除草剂。自1983年首次利用生物技术改良植物细胞以来，孟山都已成为行业领头羊，拥有600多项专利，研发投入每天高达350万美元。

批评者指出，孟山都的转基因作物不能“留种”，农民每年必须购买新种子，从而为公司带来源源不断的利润。艾博文解释称，对于玉米，自然生物特性决定了商业种子（无论转基因与否）都需杂交，自留种会影响收成；而对于大豆和棉花，不能自留种确实是出于利益保护。在美国，购买孟山都转基因种子的农民需签订“不能自留种”协议，违反者极少，被起诉的案例不超过20起。

尽管有人批评这种“技术保护”是垄断，但黑龙江农科院专家张瑞英认为，孟山都投入了数十亿美元研发，技术优势形成垄断也无可厚非。孟山都的历史可追溯至110年前，从化工企业转型为农业生物科技公司。2000年，孟山都从法玛西亚普强公司分拆独立，成为纯粹的农业生物科技公司，将所有赌注押在转基因技术上。当时，CEO亨得里克·韦菲利表示：“世界上没有一家公司像我们这样，把赌注全部压在了生物科技的未来上。”

孟山都最终押对了宝。在全球农产品价格上涨的背景下，其高产量转基因种子和除草剂受到农民欢迎。金融危机前，孟山都股价在5年内飙升超过10倍。目前，全球已有1400万农民种植约1.34亿公顷转基因作物。然而，孟山都的研发资金并非全部用于转基因技术，常规育种和转基因技术各占一半。

在中国，孟山都面临诸多挑战。尽管中国政府对转基因技术持“支持”态度，但“粮食安全”和“粮食主权”问题使孟山都的进展缓慢。艾博文表示，公司一直在申请各种证书，但流程漫长且可能无限期卡壳。中国是世界第二大种业市场，但本土企业研发投入不足，孟山都一家的研发实力可与整个中国相匹敌。目前，孟山都在中国处于战略投资阶段，利润几乎可以忽略不计。2009年11月27日，农业部批准了两种转基因水稻和一种转基因玉米的安全证书，为孟山都带来一丝曙光。此前23天，孟山都北京研究中心成立，这是其在中国首家100%独资的研发机构。