美国田纳西州西部的农民安德森正面临一种名为长芒苋的超级杂草的困扰。这种杂草每天可生长7-8厘米，最高可达2米以上，覆盖农作物，使其无法获得阳光。收割机也常被这种粗壮的杂草损坏。目前，至少十种超级杂草在美国22个州超过百万公顷的农田中肆虐，这些农田均种植转基因作物，并使用了孟山都公司的农达除草剂。

除草剂的使用催生了抗除草剂的超级杂草，农民被迫使用毒性更强的除草剂，但效果甚微。孟山都表示，开发针对这些杂草的新型除草剂需要6年时间。在此期间，农民不得不手工除草，甚至放弃耕种，导致部分耕地荒芜。

美国科学家指出，转基因作物并未如预期般神奇。2009年，美国环境医学科学研究院发布报告，强烈建议医生避免让病人食用转基因食品，并教育社区民众尽量避免。动物实验表明，转基因食品可能导致不育、免疫问题、加速老化、胰岛素调节异常及内脏系统改变。世界著名生物学家普什帕米·巴尔加在审查600多个科学期刊后得出结论：转基因生物是美国人健康急剧恶化的一大因素。

研究院指出，转基因大豆中的基因可能转移到肠道细菌的DNA中，持续产生潜在有害的基因蛋白质，相当于将肠道细菌转变为农药制造厂。美国卫生部2009年底也发表论文，指明转基因食品可对内脏造成伤害。美国国家科学基金会的调研显示，多数民众对转基因持负面态度。

尽管转基因食品在美国不做标识，但官方鉴定的非转基因食品（有机食品）有明确标识。美国农业部数据显示，有机食品零售额从1997年的36亿美元增至2008年的2110亿美元，即使在经济衰退期间也持续增长。

除了健康问题，转基因作物还导致农业问题。2010年4月，美国国家科学院发布报告《转基因作物对美国农业可持续性的影响》，指出转基因作物并未消除杂草，反而使除草剂用量上升。此外，转基因农田还出现超级虫，由于转基因作物不针对次生害虫，这些害虫逐渐成为主要害虫，并对除虫剂产生抗药性。报告建议，种植转基因作物需拿出20%的农田套种天然作物，以避免害虫产生抗体。

美国农业部终于承认，种植转基因作物后，燃料成本提高一倍多，农药用量超过天然作物，种子成本也大幅上升。美国司法部首次介入转基因技术管理，重审孟山都等公司对转基因数据进行市场封闭的合法性。转基因公司被迫低头，其风头开始被削弱。

美国媒体认为，第一代转基因作物对人类健康和生态环保有严重安全威胁，若不改变思路，转基因技术可能夭折。孟山都、杜邦等公司已感受到官方态度变化和民众抗拒。2010年6月8日，杜邦公司宣布其子公司开发的“新一代转基因”大豆获得美国农业部与FDA批准，预计2012年上市。该技术采用基因沉默技术，不植入外来基因，而是关闭或抑制可能产生问题的基因，不改变天然基因结构。

然而，质疑依然存在。《纽约时报》指出，十多年的转基因技术产品开发大体无效，人类尚未完全了解基因功能。云南财经大学顾秀林认为，无论是基因插入还是基因沉默，都干扰了生命的微观结构和功能，违反了真正的生命科学。

美国政府始终有个底线：严防转基因作物侵入天然农业生产系统和食品供应系统。美国天然农田面积远超转基因农田，且转基因农田多远离天然农业。美国法规保障有足够的天然农田战略储备，以应对可能的危害。

在中国，转基因技术仍存在巨大争议。农业部给两种转基因水稻颁发安全证书后，争议持续。华中农业大学张启发团队称转基因作物安全，而其他科学家则举出国际实验证明其危害。农业部表示，颁发安全证书不等于商业化，但反对者的焦虑并未平息。