2010年9月3日，清华大学生命科学学院院长施一公教授与北京大学生命科学学院院长饶毅教授在《科学》杂志发表社论，直指中国科研经费分配体制中存在的严重问题。他们指出，科研基金分配更多依赖关系而非学术水平，这种“潜规则”阻碍了中国创新能力的发展。社论引发高层关注，相关批示已下达至科技部等职能部门。

施一公和饶毅认为，尽管中国研究经费以每年20%的速度增长，但并未有效促进科学研究。他们批评道：“与个别官员和少数强势科学家搞好关系才最重要，因为他们主宰了经费申请指南制定的全过程。”这种自上而下的方式压抑了创新，导致研究人员花费过多精力拉关系，而非专注于学术研究。

中国科学院院士朱作言表示同意施、饶的意见，称其为“苦口良药”。他建议科技部集中精力制定科技政策，与具体项目脱钩。然而，科技界对此反应平淡，许多学者选择明哲保身。华中农业大学副教授朱猛进指出，当今中国最大的学术腐败是制度性腐败，包括科研经费分配体制。

文章还揭示了“学术包工头”现象，即一些人不做研究，专事承接项目并分包，败坏学术道德。北京工业大学一位教授表示，普通科研工作者难以融入利益共同体，只能申请小额基金勉强度日。中国工程院院士李国杰建议，应借鉴国际经验，如美国NSF的短期任期制和严格回避制度，以减少大项目评审中的腐败。

中国科学院院士郭雷呼吁深化科技体制改革，优化资源配置。他强调，科研环境由每个研究人员组成，应强调自律和合作。文章最后指出，改变科研文化需要长期努力，但国家高层已开始重视，这可能是改革的重要契机。