我国转基因食品植物的种植始于1997年，目前批准商业化种植的转基因作物包括棉花、野天牛花、番茄和甜椒4种。其中，番茄和甜椒因缺乏推广价值且许可证已失效，实际已不再种植。与此同时，我国大量进口国外转基因食品。自1998年起，从美国和加拿大等生物技术食品生产大国进口了大量粮油产品，此后每年保持较大进口量。2002年后，我国转基因大豆进口量基本维持在2000万吨左右，远超国产大豆产量，主要用于加工豆油、豆腐、豆奶等制品。国内大豆色拉油中，转基因大豆油比例可能高达80%以上，而大豆油是食品加工的基础原料之一。实际上，消费者已在不知不觉中接触转基因食品，例如利用转基因微生物生产的食品酶制剂制作的面包、油炸食品和乳制品等。在美国，超过60%的加工食品含有转基因成分，涉及大豆、玉米、油菜、马铃薯、番茄、甜椒、番木瓜、西葫芦等原料。在英国，与转基因相关的食品达7000种，包括婴儿食品、巧克力、冷冻甜品、面包、人造奶油、香肠、肉类及代肉类产品。

近十年来，我国生物技术研究发展迅速，涉及农业生物技术的各类研究机构已超过200家，初步形成了从基础研究、应用技术研究到产品开发的创新体系。一批具有商业化前景的转基因作物正在进行或已完成安全性试验，例如高赖氨酸转基因玉米、抗虫转基因玉米、抗病转基因水稻、抗除草剂转基因水稻、高油转基因油菜、高油转基因大豆和抗病毒转基因马铃薯等。早在1984年，我国成功获得世界首例转基因鱼，1986年国家“863”计划对转基因鱼研究给予重点资助。此后，转基因鱼研究取得多项重大突破，多种鱼类被转入生长素基因（如人、牛、羊、大马哈鱼、虹鳟鱼的生长素基因）和抗冻基因，涉及的鱼类包括黄河鲤鱼、黑龙江野鲤、草鱼、泥鳅、荷包红鲤抗寒品系和德国镜鲤等。其中，转入生长素基因的黄河鲤鱼和黑龙江野鲤已通过环境安全性评价，正在进行食用安全性评价，若顺利，有望成为我国首例走上餐桌的动物源转基因食品。