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粘粒文库大规模制备方案

2005-07-18 00:00 未知 未知 阅读 0
核心摘要: 本文详细描述了L. pennellii粘粒文库的大规模制备方案,包括从细菌培养、质粒提取、纯化到最终DNA重悬的完整步骤。该文库使用MboI部分消化的基因组DNA构建,连接至双元载体T04541,适用于植物转化研究。步骤中涉及碱裂解法、PEG沉淀、酚氯仿抽提等经典分子生物学技术,为实验室大规模制备粘粒DNA提供了可靠参考。

描述

该文库为L. pennellii文库。粘粒文库由MboI部分消化的总基因组DNA构建,经蔗糖梯度分级分离,选择约15-30 Kb的片段。DNA被连接到粘粒载体T04541中。该载体是一种双元载体,具有左右边界序列和用于植物筛选的NPTII基因,同时带有四环素标记用于细菌筛选。

步骤

1. 挑取一个单菌落,接种到10 ml LB培养基(含适当抗生素)中,培养6-8小时。
2. 将培养物转移至1升LB培养基(含抗生素)中,37°C振荡过夜培养。
3. 4000 rpm离心15分钟。
4. 用20 ml溶液I(50 mM D-葡萄糖,25 mM Tris-HCl,10 mM EDTA)重悬沉淀,转移至250 ml离心管中。
5. 冰上孵育5分钟。
6. 此后仅使用塑料移液管!加入50 ml新鲜配制的溶液II(0.2 N NaOH,1% SDS),轻轻混匀。
7. 冰上孵育5分钟(切勿超过!)。
8. 加入37.5 ml溶液III(8 M乙酸铵),轻轻混匀直至出现白色絮状物。
9. 冰上孵育10分钟。
10. 使用GSA转子,10000 rpm离心30分钟。
11. 用四层纱布过滤上清液至新离心管中。
12. 加入0.6倍体积的异丙醇(70 ml),混匀,室温孵育20分钟(延长至1小时效果更佳)。
13. 使用GSA转子,10000 rpm离心20分钟。
14. 保留沉淀,擦干管口(管壁上也有不易看见的沉淀)。用4 ml去离子水重悬沉淀,转移至聚丙烯管中,确保沉淀充分重悬。
15. 加入8 M乙酸铵,轻轻混匀1分钟。
16. 冰上孵育10分钟。
17. 使用HB-4转子,8000 rpm离心10分钟。
18. 转移上清液至新管中。
19. 加入6 ml异丙醇,轻轻混匀(可在此步于-20°C过夜,或室温孵育15分钟)。
20. 8000 rpm离心10分钟。
21. 保留沉淀。
22. 用70%乙醇洗涤:加满管,离心至5000 rpm,弃去上清。
23. 用1 ml去离子水重悬沉淀。
24. 加入20 μl RNA酶A(5 mg/ml),37°C孵育30分钟。
25. 加入580 μl去离子水。
26. 加入400 μl 4 M NaCl,轻轻混匀。
27. 加入2 ml 13% PEG 8000,轻轻混匀。
28. 冰上孵育1小时。
29. 80000 rpm离心20分钟。
30. 保留沉淀,用70%乙醇如前洗涤。
31. 干燥试管,用3.3 ml去离子水充分重悬。
32. 加入1.7 ml 8 M乙酸铵,轻轻混匀。
33. 酚/氯仿/异戊醇抽提,台式离心机离心5分钟。
34. 如不干净,重复步骤33。
35. 氯仿/异戊醇抽提两次。
36. 加入2.5倍体积的100%乙醇。
37. 10000 rpm离心30分钟。
38. 用70%乙醇如前洗涤。
39. 干燥,用200 μl去离子水重悬DNA。

配方

(原文未提供具体配方,此处保留空白)

耗材

(原文未提供具体耗材,此处保留空白)

提示

(原文未提供具体提示,此处保留空白)

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