世界贸易组织（WTO）于2006年2月7日作出初步裁决，并于同年正式宣布，欧盟国家禁止进口转基因产品的做法违反了国际贸易规则。该裁决是应美国、加拿大和阿根廷的申诉而作出的，三国认为欧盟自1998年至2003年期间未批准任何新的转基因食品上市，形成了事实上的禁令，损害了其出口利益。

转基因技术是指利用分子生物学手段，将外源基因转移到特定生物体中，使其获得新的性状。例如，将抗寒基因导入西红柿或草莓，使其耐受低温；或将抗虫基因转入玉米、大豆，减少害虫侵害。以转基因生物为原料的食品即为转基因食品。目前，美国是全球转基因技术研发投入最多、种植面积最广的国家，其转基因大豆、玉米等产品大量出口。

欧盟方面则强调，转基因食品涉及食品安全和环境安全，其法规要求对转基因成分超过0.9%的产品进行标识，并允许成员国限制转基因作物种植，以避免传统作物被“污染”。欧盟认为，其2004年已取消禁令，现行法规符合WTO规则。然而，美国认为欧盟的标识和追溯要求过于苛刻，实质上仍构成贸易壁垒。

WTO裁决并未直接判定转基因产品是否安全，也未明确欧盟现行法规是否非法，但认定欧盟在1998-2003年间的实际禁令违规。裁决后，美国敦促欧盟修改法规，而欧盟表示不会上诉，但坚持其法规的合理性。该事件反映了全球在转基因食品安全性、环境风险与自由贸易之间的长期争议。