重大专项经费到位滞后、预算大幅调减的问题，长期困扰着科研人员。例如，北京大学医学部教授马大龙在参与“重大新药创制”专项时，项目2008年通过评审，直至2010年仍未获得经费。这种资金到位的严重滞后，不仅影响科研进度，也挫伤了科研人员的积极性。对此，全国政协委员、中国工程院院士邬贺铨指出，重大专项作为新生事物，管理层次多、周期长，经费管理和组织协调面临全新挑战。

经费大幅调减，理由缺乏科学依据

除到位滞后外，预算审查过程中的随意调减是另一大痛点。马大龙介绍，科技重大专项财务预算需经科技部和财政部聘请的两批专家双重审查，由于缺乏明确的财务管理规定（直至2009年底才颁布《民口科技重大专项资金管理办法》），审查周期长且依据随意。例如，新药临床试验要求100例病人，评审专家质疑能否减至50例；动物试验需纯种狗，评审却建议购买最便宜的杂种狗；甚至要求精准预判若干年后何人、何地开何会。此类理由让内行哭笑不得，导致2008—2009年启动课题预算平均调减率达19.2%。

财务管理与科研实践脱节，催生“猫鼠游戏”

中科院地理科学与资源研究所研究员闵庆文反映，项目规定人员费不能列入正常开支，迫使科研人员通过其他课题申请工资性收入，或进行预算造假。马大龙认为，当前设立间接费用和不可预见费用的改革是良好开端，但需进一步简化预算审查程序，避免多重审查，按分类管理原则允许预算有一定偏差范围，同时加强经费使用中和使用后的监督检查与问责。

近年来，国家科技计划管理改革不断深化，如推行“揭榜挂帅”、赋予科研人员更大经费自主权等政策，但历史遗留的经费管理问题仍需持续优化。唯有建立科学合理的监督机制，才能确保经费真正服务于科技创新。