2006年4月17日，四川大学通过四川新闻网正式回应了“丘小庆论文涉嫌造假”事件。学校成立专家组，于2006年1月17日至4月5日进行了严谨论证，最终得出结论：6位作者所指的“论文造假”没有事实依据。四川大学表示将提出维权诉讼，追究法律责任。

2003年12月，四川大学华西医院丘小庆等15位作者在《自然生物技术》上发表题为“可作为对抗特定细菌靶向抗菌物质模型的一种工程化多结构域抗菌多肽”的论文。2005年12月，论文署名作者中的6位校外作者声称该论文是学术造假，称他们在不知情的情况下被署名，并向编辑部提出撤销署名权。该信于2005年12月31日在网上公布，引发广泛关注。

6位作者认为论文造假的主要依据包括：根本不存在论文声称的功能蛋白；PH-SA（抗金黄色葡萄球菌工程多肽）的抗菌活性可能是制备过程中残留的高浓度链霉素所致；去除链霉素后PH-SA无抗菌活性；PH-SA的特异性不存在。

四川大学专家组从2006年1月17日至4月5日进行了多次严格实验，结论如下：样品中主要蛋白质分子量约为70 kDa，与论文描述一致；在残留硫酸链霉素浓度低于最低抑菌浓度（MIC）时，样品对金黄色葡萄球菌标准菌株有抑制作用，对表皮葡萄球菌和肺炎链球菌无抑制作用；当残留硫酸链霉素浓度高于MIC时，样品对金黄色葡萄球菌的抑制作用高于同浓度硫酸链霉素对照组。

四川大学认可并负责专家组的结论，认为实验结果证明6位作者的指控没有事实依据。学校坚持严谨求实的科学态度，反对学术造假，并制定了严格的学术规范制度。学校反对将学术观点之争与学术造假混为一谈，并指出此次事件严重干扰了学校正常工作秩序，给学校名誉造成损失，将提出维权诉讼。

四川大学科技处副处长田卫东在新闻发布会上表示，专家组的独立实验证明6位作者的指控不成立，学校将追究法律责任。华西临床医学院党委副书记敬静指出，6位作者中的两位（张淑华和欧真容）曾于2004年在《四川生理科学杂志》上发表论文，结论与指控自相矛盾。四川大学法律顾问张春霞表示，学校正在收集证据，依法追究相关人员责任。

事件回放：2003年12月，丘小庆等18位作者在《自然生物技术》发表论文；2005年12月，6位外校作者指控造假并网上公布。

四川新泰克控股有限公司对调查结果提出质疑，要求国家权威机构复核。四川大学副校长李光宪表示欢迎第三方机构检测，并指出大学自行调查学术纠纷是国际惯例，如韩国首尔大学调查黄禹锡事件。专家组还征询了国内外权威专家意见，并获得认可。