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Northern Blot技术详解

2005-04-06 14:15 未知 未知 阅读 0
核心摘要: Northern blot技术是一种用于检测特定RNA分子的实验室方法,涉及RNA的分离、电泳转移和杂交等步骤。该技术对于研究基因表达和RNA分子特性具有重要意义。

Northern blot技术是一种用于检测特定RNA分子的实验室方法。该技术涉及RNA的分离、电泳转移和杂交等步骤。

经乙二醛和二甲基亚砜变性处理后进行的RNA电泳是Northern blot的第一步。这种方法最初由McMaster和Carmichael于1977年提出。含有乙二醛-DMSO的凝胶比含有甲醛的凝胶更难于进行电泳,因为前者泳动速率较慢,而且需要循环电泳液以避免电泳过程中形成过高的H+梯度。尽管两种凝胶具有近乎相等的分辨率,但用含乙二醛-DMSO的凝胶对RNA进行分级分离,通常Northern杂交所显示的RNA条带更为锐利。

具体步骤如下:

1. 在灭菌的微量离心管内,混匀下列液体:6mol/L乙二醛 5.4μl,DMSO 16.0μl,0.1mol/L磷酸(pH7.0) 3.0μl,RNA(多达10μl)5.4μl。市售乙二醛通常为40%溶液(6mol/L)。由于接触空气后乙二醛易于氧化,所以使用前需通过混合床树脂进行去离子处理,直至溶液pH值大于5.0为止,然后可分装在小份,用盖紧的小管贮存于-20℃。每小份乙二醛溶液只用1次,剩余液体应予丢弃。

2. 将微量离心管盖严,将RNA溶液置于50℃温育60分钟后,用冰水浴冷却样品,离心5秒钟,使管内所有液体沉降至管底。

3. 于50℃温育RNA溶液的同时,灌制琼脂糖水平凝胶,用1.4%琼脂糖分析1kb以下的RNA样品,而用1%琼脂糖分析1kb以上的RNA样品。用0.1mol/L磷酸钠(pH7.0)配制凝胶缓冲液,降温至70℃,加入碘乙酸钠固体至终浓度为10mmol/L(使RNA酶失活),再降温至50℃,制胶,加入RNA样品前至少放置30分钟使其凝固。

4. 将RNA样品冷却至0℃,加入4μl灭菌的并经DEPC处理的凝胶加样缓冲液,随后立即将上述样品加至凝胶加样孔。用已知大小的乙醛酰RNA作为分子量标准参照物,如18S和28S rRNA或9S兔β-珠蛋白mRNA。

5. 将凝胶浸入10mmol/L磷酸钠电泳液中,以3-4V/cm电压降进行电泳,同时对磷酸钠溶液进行持续再循环,使溶液pH值维持在可被接受的限度内。

6. 电泳结束后,切下分子量标准参照物的凝胶条,浸入溴化乙锭溶液中染色30-45分钟。在凝胶上放置一透明尺,在紫外灯下拍照每个RNA条带至加样孔的距离,以RNA片段大小的lg对数值对RNA条带的迁移距离作图,用所得曲线计算从凝胶移到固相支持体后通过杂交检出的RNA分子的大小。

7. RNA从凝胶转移至硝酸纤维素滤膜或尼龙膜。转移方法包括毛细管洗脱法、真空转移法和电印迹法。

杂交和放射自显影步骤如下:

1. 用预杂交液进行预杂交,时间1-2小时。

2. 在预杂交液中加入变性的放射性标记探针,继续温育16-24小时。

3. 用1xSSC、0.1%SDS于室温洗膜20分钟,随后用0.2xSSC、0.1%SDS于68℃洗膜3次,每次20分钟。

4. 用X光片进行放射自显影,附加增感屏于-17℃曝光24-48小时。

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