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实验室常用15种小鼠品系基因组测序项目完成

2006-10-28 23:28 子元 生物通 阅读 0
核心摘要: 研究人员完成了15种实验室常用小鼠品系的基因组测序,发现约830万个单核苷酸多态性(SNPs)。这些数据免费开放,为研究环境因素如何影响帕金森病、癌症、糖尿病等200多种疾病的易感性提供了宝贵资源。通过比较不同品系的遗传差异,科学家可揭示人类疾病发病机制及个体易感性差异的原因。

10月15日,研究人员宣布对15种生物实验室常用小鼠品系的基因组测序计划完成,发现了约830万个单核苷酸多态性(SNPs)。研究结果已免费向读者开放,成为研究环境因素引发疾病机制的宝贵资源。

单核苷酸多态性是指DNA序列中单个碱基的变化。由于小鼠与人类在基础生物学和行为学过程(如基因功能)上高度相似,这些数据有助于研究人类对帕金森病、癌症、糖尿病、心脏病、肺部疾病、生殖系统疾病、哮喘等200多种疾病的易感性,这些疾病均受环境暴露影响。

“面向研究团体免费开放这些有价值的数据是一个重大里程碑,”美国国家环境卫生科学研究所(NIEHS)主任David A. Schwartz博士表示。“每个小鼠品系都有其遗传特异性。现在,我们明确了这些小鼠品系的DNA差异,可以将患有某种遗传疾病的小鼠品系基因组与健康品系对比,从而揭示人类中类似的发病机制,例如为何在相同环境暴露下,有些人易患病而有些人不会。”

两年前,NIEHS的国家毒理学项目与加拿大Perlegen Sciences公司合作,启动了“测序和SNP探索计划”。Perlegen研究人员以2003年完成测序的C57BL/6J小鼠品系为参考,对129S1/SvImJ、A/J、AKR/J、BALB/cByJ、BTBR T+ tf/J、C3H/HeJ、CAST/EiJ、DBA/2J、FVB/NJ、MOLF/EiJ、KK/HlJ、NOD/LtJ、NZW/LacJ、PWD/PhJ和WSB/EiJ等15个品系进行测序。这些品系根据遗传多样性和实验室使用频率精心挑选,测序采用高密度寡核苷酸微阵列技术,该技术常用于人类基因组DNA变异检测。

“Perlegen研究人员对这项工作充满热情,因为能从中获得宝贵资源。我们相信这些数据将揭示许多复杂遗传特征的相关信息。”Perlegen公司遗传学副主席Kelly Frazer说。

“研究人员对此计划期望很高。现在,我们只需在计算机前输入小鼠品系名称,即可查看其基因组序列差异,并与其他品系进行比对。”北卡罗来纳大学小鼠疾病模型研究专家David Threadgill博士表示。“假如我们使用多个小鼠品系,将动物暴露于某种环境物质,然后查阅数据,对比患病与未患病品系的遗传差异,这有助于寻找人类疾病易感性差异的原因。”

“这些小鼠数据将帮助我们确定人类中的相应基因,以及导致疾病易感性的分子和生理途径,还有在易感人群中引发疾病的环境病原体。”霍华德医学院医学教授、职业与流行病学教授David Christiani博士说。这些数据对制药公司而言也是一笔巨大的信息资源。(生物通记者 子元)

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