全球著名生物制药公司美国安进（Amgen）公司近日宣布，通过使用二代测序技术分析肿瘤样本，寻找新的生物标志物，以预测直肠癌的药物治疗效果。该研究利用罗氏454测序平台，对EGFR抑制剂Vectibix（帕尼单抗）临床试验中的320例肿瘤样本的9个基因进行测序，旨在阐明这些基因的突变是否能够预测药物疗效。

据项目首席研究员、安特卫普大学医院的Marc Peeters介绍：“这是首次利用下一代测序技术分析临床三期试验的肿瘤样本，将大大推进我们正在进行的临床研究。”研究涉及的9个基因包括AKT1、BRAF、CTNNB1、EGFR、KRAS（外显子3）、NRAS、PIK3CA、PTEN和TP53，它们均直接或间接参与EGFR信号通路。研究人员对43个外显子进行扩增，获得5.7M条测序读长，总计1.26Gb数据。在320例样本中，288例成功测序，平均每位患者获得7.85个基因结果，基因完整率达84%-99%。结果发现所有9个基因均存在突变，其中50例肿瘤样本含有一个以上突变基因，20例样本单个基因内有多处突变。

研究人员总结道：“高灵敏度的454测序帮助我们发现了预期外的患者肿瘤样本基因型复杂性。”已知KRAS基因突变预示药物治疗反应不佳。Vectibix显著改善KRAS野生型肿瘤患者的无进展生存期（progression-free survival），而对KRAS突变型患者无效。此外，NRAS突变也与Vectibix无疗效相关。Vectibix能显著提高KRAS及NRAS野生型肿瘤患者的无进展生存期，但对NRAS突变型肿瘤难以起作用。研究人员还发现高于预期的KRAS与BRAF或NRAS共突变，安进公司将对此进行进一步研究以确定BRAF突变的预测价值。

安进公司分子科学部门使用454测序平台已超过一年半，在肿瘤药物开发领域有突出应用。参与Vectibix项目的首席科学家Alex Parker表示，自去年以来，安进已通过454测序平台分析了1000例样本，并将对已完成和正在进行的临床试验样本进行更多此类研究。罗氏454测序仪在测序读长、准确性和灵敏度上的独特优势，将推动更广泛的临床研究。