近年来，外来有害生物物种入侵我国的情况日益严重，对国家生物多样性和生态资源造成了巨大危害。据调查，一份跨境邮寄包裹中可能含有我国明令禁止入境的有害物种，防控形势严峻。
在入侵我国的400多种外来有害物种中，广西位居前列，仅动物和植物（不包括微生物）就有80多种。广西农业科学院植物保护研究所数据显示，广西农业生态系统有外来入侵杂草101种，具有种类多、数量大、危害重的特点。此外，广西各地采用“炼山”“全垦”等方式发展速生桉树人工林，破坏了山地生物多样性，目前全区森林生态功能等级中等及以下的面积占98%，等级好的面积仅占2%。以红树林、珊瑚礁和海草床为代表的海洋生态系统也面临退化威胁。
山东的外来有害生物主要有松材线虫病、美国白蛾等。据山东省野生动植物保护站副调研员李东军介绍，青岛、烟台、威海3个市的7个县（市区）中，有19个乡镇为松材线虫病疫情区，发生面积超过3万亩。仅2015年上半年，因感染松材线虫病被砍伐的病死树就达4万多株，比往年增加30%左右。
陕西同样面临威胁。陕西出入境检验检疫局统计数据显示，2015年1-10月，陕西在入境货物、集装箱、进境邮寄物、旅客携带物中截获进境植物有害生物139种，同比增加22%。其中，仅邮检办事处就检出有害生物21批次，包括高风险检疫性有害生物假高粱、短体线虫。
外来有害生物入侵使我国生物多样性遭受严重破坏。以广西大瑶山水源林保护区为例，原来存在的大量动物现已绝迹，珍贵动物鳄蜥已罕见，原有的216种鸟类中54种已灭绝，原有的2335种植物中407种已绝迹，驰名中外的大瑶山灵香草已减少95%。被称为“美人鱼”的海洋生物儒艮近年鲜有发现。
外来物种入侵还导致经济损失。据统计，山东省因松材线虫病砍伐的枯死、濒死松树累计超过60万株，按每亩100株计算，相当于减少6000亩松林，造成直接经济损失1.8亿元。此外，疫情发生地被划为疫区，对产品流通、投资环境等产生负面影响，不利于招商引资和经济社会发展。
防控工作面临诸多困难。陕西出入境检验检疫局负责人表示，面对数量庞杂的进境生物，有限的人员编制使人力不敷使用。同时，群众认识不足，防范意识淡漠，政府工作难以得到有效配合。山东省野生动植物保护站副调研员李洪敬指出，大多林场地理位置偏僻，工作环境差，对人才缺乏吸引力，导致基层专业技术人员缺乏。经费也不足，政府没有专项资金支持检疫工作，检疫人员的用车、后勤等经费难以解决，相关工作开展难度大。广西方面表示，由于经费有限，生物多样性研究滞后，难以建立有效的科研检测体系。此外，相关法律法规尚不健全，缺乏操作性，针对生物多样性尚未形成科学有效的保护机制，对自然保护区也未实行生态效益补偿机制，导致有法不依、执法不严，乱砍滥伐等破坏性开发层出不穷，捕杀、食用受保护野生动物等行为屡禁不止。
专家建议，应加强政府投入，完善法律法规体系建设，将外来有害物种入侵及生物多样性保护纳入政绩考核，建立生态补偿机制，减少民众破坏性开发自然资源。还应吸收引进国外先进技术经验，以多种方式防治外来物种入侵，保护生态。李洪敬认为，应坚持政府主导、部门协作、社会参与的机制，各级政府、各部门要按照有关法律法规各负其责，明确任务，落到实处，而不能只靠林业部门。对住宅小区内的植物、道路两旁的行道树等，要做到“谁经营谁防治”。还要谋划好全国到各个省市层面的防控方案，分类治理，使方案设计与当地实际情况相适应。李东军建议，在政策、待遇等方面向基层倾斜，加大投入。管控林业有害生物要把监测预警放在首位，做好预警工作重点在基层第一线。例如，每个村都应有一个兼职测报员，关注当地林木疫情，应当设定专门经费给兼职测报员发放补贴、工资，让这一岗位真正发挥监测、预警的效果和作用。在林业有害生物防治时，基层林业人员常常“入深山、进老林”，需要专门的车辆、仪器设备，在严控三公经费、公务用车背景下，这一项应当明确保留下来。业内人士认为，应充分保护好、管理好现有的林木资源。作为生态文明的重要组成部分，我国林业经过多年植树造林已具有一定规模，要立足于发展林业、保护林业，重点是把现有林木资源保护好，在一定区域内发展造林。