描述
NGFR(神经生长因子受体)基因的HincII多态性是一种限制性片段长度多态性(RFLP),可用于遗传关联研究。该多态性位于NGFR基因外显子1下游1695 bp处,通过HincII限制性内切酶消化PCR产物进行基因分型。
实验步骤
使用HincII限制性内切酶进行RFLP分析。PCR扩增区域位于AC006487序列的11430-12116 bp,HincII酶切位点位于11499-11504 bp。
模板
基因组DNA,每25 μl反应体系使用100-200 ng。
引物
上游引物NGFRHNCF:5'-CAC CTT TTC AGG GGG CAG C-3',每反应100 ng。
下游引物NGFRHNCR:5'-CCC TCG TTC CAT CCC TAT TA-3',每反应100 ng。
dNTPs
终浓度各200 μM。
缓冲液
终浓度:1.15 mM MgCl2,50 mM KCl,10 mM Tris-HCl pH 8.4,1M甜菜碱(betaine)。注意:必须添加甜菜碱。
Taq DNA聚合酶
每25 μl反应体系使用0.5单位(Perkin Elmer Amplitaq DNA聚合酶,5 U/μl,货号N808-0145)。
PCR循环程序
94°C预变性5分钟;94°C 1分钟,58°C 30秒,72°C 30秒,10个循环;94°C 30秒,58°C 30秒,72°C 30秒,25个循环;72°C延伸7分钟。
产物大小
HincII消化后:687 bp片段被切割为615 bp和72 bp(+/+纯合子)。
配方
无特殊配方。
耗材
无特殊耗材。
提示
确保甜菜碱的添加以消除GC-rich区域的二级结构,提高PCR特异性。