逆转录-聚合酶链式反应技术（RT-PCR）用于检测EWS和AFT1两种基因是一种很有效的方法，而这两种基因是透明细胞肉瘤的分子标志物。Bergonie研究所的Jean-Michel Coindre博士在9月份《肿瘤杂志》上发表文章称，尽管通常情况下诊断透明细胞肉瘤并不困难，但是当这种疾病发生移位时使用RT-PCR进行诊断具有不可替代的优势，另外用常规方法诊断透明细胞肉瘤还可能被误诊为黑色素瘤。

为了研究RT-PCR在诊断透明细胞肉瘤的实用性，研究人员对36名透明细胞肉瘤患者的石蜡包埋组织标本，9名疑似患者的标本及14名黑色素瘤确诊的患者的标本进行了研究。在黑色素瘤标本中没有监测到任何EWS-ATF1的转录，然而，在9名疑似透明细胞肉瘤患者中有7名患者可以监测到EWS-ATF1的转录。研究人员表示虽然结合临床资料通过苏木精、伊红染色及免疫组织化学等方法可以诊断大多数透明细胞肉瘤，但是，RT-PCR对于诊断移位透明细胞肉瘤及鉴别诊断黑色素瘤具有其独特优势。