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生物信息学与数据库 生物学网络比对:模拟细胞机器的计算策略

本文综述了生物网络比较分析领域,通过跨物种、跨分子类型的网络比对,揭示细胞机器的保守性和特异性。文章阐述了网络比对在解析细胞机器、预测蛋白质功能和相互作用方面的应用,并讨论了当前面临的挑战与解决方案,包括改良搜索算法、多序列比对技术、相似性评分进化模型及数据库整合等。...

2006-04-13 09:54:51 103

生物信息学与数据库 日本设立专门机构搜集中国科技情报

日本为应对中国科技崛起,设立专门机构搜集中国科技情报。日本科技振兴机构成立“中国情报中心”,将中国科技资料翻译成日文并数字化。文部科学省也设有“研究开发战略中心”,追踪美中科技动向。日本历史上通过经济间谍活动获取大量技术,如今更系统化地搜集情报,重点领域包括生命科学、信息通信等。...

2006-03-31 09:36:48 316

生物信息学与数据库 复杂性疾病生物信息学研究的策略与方法

本文系统综述了复杂性疾病生物信息学研究的策略与方法,涵盖数据整合、差异表达分析、网络分析、机器学习建模、多组学整合及药物重定位等核心内容。结合2003年清华大学生物信息学中心李衍达课题组的早期综述与当前技术进展,强调生物信息学在揭示复杂性疾病分子机制和推动精准医学中的关键作用。文章指出未来方向包括单细胞组学、空间转录组学及人工智能融合,为相关领域研究者提供参考。...

2006-03-23 13:12:19 290

生物信息学与数据库 挖掘基因资源数据的新方法:从海量芯片数据中提取生物学关联

美国斯坦福大学医学院等机构的研究人员开发了一种新的数据挖掘方法,通过计算机程序自动分类基因芯片实验数据,从海量信息中识别出与白血病、衰老、损伤和肌肉发育相关的基因。该方法利用公共数据库中的实验术语进行聚类分析,发现了九个衰老相关基因、两个损伤诱导高表达基因和一个白血病中表达下调的基因。研究发表在《自然·生物技术》上,但该方法对术语的精确性有较高要求,需规范数据描述。...

2006-01-14 09:53:58 213
2005年9月23日《科学》杂志中文摘要

生物信息学与数据库 2005年9月23日《科学》杂志中文摘要

本期《科学》杂志涵盖多个领域:旅行者1号穿越激波边界,进入星际空间;语言历史学家利用结构比较方法追溯语言起源;英国科学家将人类21号染色体导入小鼠,建立唐氏综合征模型;植物通过基因工程产生萜类化合物吸引天敌防御害虫;北极地区无雪季节延长导致变暖反馈;以及一种新型多孔材料MIL-101具有巨大表面积和潜在应用。...

2005-12-22 23:09:05 353

生物信息学与数据库 生物信息处理专用计算机与算法研究通过验收

中国科学院北京基因组研究所和计算技术研究所牵头承担的“生物信息处理专用计算机与算法研究”项目通过验收。该项目研制了面向生物信息处理的专用计算机“曙光4000H”,采用通用CPU加专用FPGA技术,达到4万亿次处理能力,并开发了多种新算法和软件。项目申请发明专利3项,授权1项,发表SCI/EI论文32篇,培养了一支跨专业研发队伍。...

2005-09-13 08:30:46 376

生物信息学与数据库 生物信息数据库与查询

本文系统介绍了生物信息数据库的分类与功能,涵盖一级和二级数据库。重点描述了GenBank、EMBL、DDBJ等核酸数据库,以及PIR、SWISS-PROT、PDB等蛋白质数据库,并涉及功能数据库如KEGG、DIP、TRANSFAC等。文章还介绍了数据库检索工具如Entrez、SRS,以及序列提交方法。最后提及国内生物信息学资源,为研究人员提供全面的数据库使用指南。...

2005-07-14 18:50:16 1105

生物信息学与数据库 生物信息学网站归类

本文系统整理了全球主要的生物信息学资源,涵盖基因组数据库(如EMBL、GenBank、DDBJ)、序列检索工具(Entrez、SRS)、序列比对软件(BLAST、FASTA、ClustalW)、蛋白质分析平台(SWISS-PROT、PIR)以及突变数据库等。文章为研究人员提供了一站式导航,帮助高效获取生物数据和分析工具,是生物信息学入门和进阶的实用参考。...

2005-07-14 18:49:35 1102

生物信息学与数据库 生物信息学与计算机技术

本文系统介绍了生物信息学的定义、重要性、研究课题及软件系统分类。生物信息学是生物学与计算机科学交叉的学科,通过处理和分析海量生物数据,揭示生命运行机制。文章涵盖数据获得、分析和管理系统,并展望了其在药物研发和基因研究中的应用前景。...

2005-07-14 18:48:13 1321

生物信息学与数据库 生物信息学揭示新的“基因调节系统”

通过比较140个细菌基因组,研究人员利用生物信息学方法发现了一种新的转录因子系统,该系统抑制与DNA复制相关的基因表达。研究确定了高度保守的NrdR-box信号序列及其结合的转录因子蛋白,揭示了细菌中通用的基因调节机制。该发现为理解细菌复制调控提供了新视角,并展示了比较基因组学在发现新型调控系统中的应用。...

2005-07-10 12:26:26 358